Un document del 819 ja ens parla del monestir de Sant Genís les Fonts i sembla ser que a finals del segle IX fou saquejat pels normalnds. Però fou el 1127 que els bisbes Pere Bernat d'Elna i Aranau de Carcassona consagraren l'església del monestir. És molt interessant la llinda esculpida de la façana principal, datable segons la inscripció que conté vers 1020. El monestir va anar fent la viu viu fins la Revolució Francesa, moment en què quedà abandonat.

El claustre, més tardà, data dels anys 1270-1280 i és del romànic tardà. Les bases i els capitells són decorats amb escultures que estilísticament corresponen a l'estil gòtic. Una característica remarcable d'aquest claustre és la utilització de materials de diferent color creant un efecte de policromia molt interessant: marbre rosa de Conflent, marbre blanc de Ceret i marbre gris amb reflexos verdosos o negres de Baixas.

El claustre va ser desmantellat i venut el 1924. Una petita part d'aquest anà a parar al Philadelphia Museum of Art, una altra part, la major, va ser venuda al castell de Les Mesnuls, i tres capitells al Museu del Louvre. A Sant Genís restaven onze capitells en una casa veïna. Els de Les Mesnuls van ser adquirits per l'estat i portats el 1984, amb els del Louvre, a Sant Genís, on ha estat restituït el claustre.